Bhútán leží v seizmicky aktivní himálajské oblasti, zemětřesení nad magnitudo 7 zasáhlo zemi opakovaně (naposledy velké škody 2009). Táním ledovců navíc roste riziko protržení ledovcových jezer (GLOF) v horských údolích. Sesuvy půdy hrozí hlavně během monzunu (červen–srpen).
Himálajský medvěd plavý (černý medvěd) je krátkozraký a může zaútočit, když si stojícího člověka splete se soupeřem. V jižních nížinách žije nebezpečnější medvěd pyskatý a vzácně i tygr. Z jedovatých hadů se vyskytuje kobra královská a několik druhů zmijí. V monzunovém období jsou v lesích běžné pijavice.
Klášter Tygří hnízdo (Taktsang) nad Paro leží v 3 120 m — u neaklimatizovaných návštěvníků může způsobit mírné projevy výškové nemoci, vážné riziko to ale pro zdravé dospělé při pomalém tempu není. Reálnější riziko je na horských treccích (Džomolhari aj.), které stoupají až ke 4 900 m. Samotné Thimphu (2 334 m) a Paro (2 200 m) už jsou v mírné nadmořské výšce.