Kromě běžného očkovacího kalendáře se většině cestujících doporučuje očkování proti hepatitidě A a břišnímu tyfu. Podle oblasti, délky pobytu a toho, co budete dělat, se zvažuje i očkování proti chikungunye, choleře, hepatitidě B, japonské encefalitidě a vzteklině.
EHIC v Bhútánu neplatí a cestovní zdravotní pojištění je podmínkou vízové žádosti. Vážnější případy se řeší převozem do Indie nebo Thajska, letecká evakuace může přesáhnout 100 000 USD.
Podle CDC hrozí malárie jen v některých částech Bhútánu — kdo do nich míří, má si antimalarika obstarat ještě před odjezdem.
CDC řadí zemi do nejvyššího stupně rizika dengue: místní případy se tu objevují často nebo nepřetržitě. Komáři, kteří ji přenášejí, žijí hlavně pod 2 000 m n. m., výš je riziko velmi nízké.
Jídlo v restauracích a hotelech pro turisty je připravováno s vysokým hygienickým standardem, drtivá většina návštěvníků cestuje se zajištěným stravováním.
Národní referenční nemocnice v Thimphu (JDWNRH) poskytuje solidní základní a akutní péči i cizincům zdarma, ale u vážnějších diagnóz (onkologie, neurochirurgie) je standardem převoz do Indie nebo Thajska. Mimo Thimphu je síť zdravotnických zařízení řídká.
Drogy jsou přísně nelegální. Doporučuje se mít u léků na předpis originální balení a lékařskou zprávu, u silnějších analgetik (opioidy, kodein) je vhodné mít potvrzení od lékaře pro případ celní kontroly.
Klášter Tygří hnízdo (Taktsang) nad Paro leží v 3 120 m — u neaklimatizovaných návštěvníků může způsobit mírné projevy výškové nemoci, vážné riziko to ale pro zdravé dospělé při pomalém tempu není. Reálnější riziko je na horských treccích (Džomolhari aj.), které stoupají až ke 4 900 m. Samotné Thimphu (2 334 m) a Paro (2 200 m) už jsou v mírné nadmořské výšce.