Chile leží v seizmicky velmi aktivní oblasti pacifického ohnivého kruhu, zemětřesení hrozí celoročně (jedno z nejsilnějších v historii, 9,5 stupně, zasáhlo Chile v roce 1960). Desítky sopek jsou aktivní. V letních měsících (prosinec–březen) hrozí lesní požáry, na severu (region Coquimbo, Atacama) se v posledních letech objevují i přívalové deště a záplavy.
Chile má oproti zbytku Jižní Ameriky poměrně málo nebezpečných zvířat. V severních a středních oblastech se vyskytuje jedovatý pavouk snovačka chilská a pavouk poustevník hnědý (Loxosceles laeta), jejichž kousnutí vyžaduje lékařské ošetření. Ve volné přírodě je vzácně možné potkat pumu, útoky na lidi jsou ale výjimečné.
San Pedro de Atacama leží ve výšce zhruba 2 400 m n. m., okolní vulkány a solné pláně (Altiplano) dosahují 4 000–5 000 m. Výšková nemoc hrozí zejména při rychlém výstupu na vyhlídkové body a sopky — doporučuje se první den v Atacamě odpočívat a hodně pít.