Certifikát chtějí jen po cestujících od 1 roku, kteří přijíždějí ze země s rizikem žluté zimnice — počítá se i přestup delší než 12 hodin. Při přímé cestě z Česka nebo s přestupem v Evropě se nevyžaduje. Kdo zůstane 4 týdny a déle, může při odjezdu potřebovat i doklad o očkování proti dětské obrně, podaném 4 týdny až 12 měsíců před odjezdem.
Kromě běžného očkovacího kalendáře se většině cestujících doporučuje očkování proti hepatitidě A a břišnímu tyfu. Podle oblasti, délky pobytu a toho, co budete dělat, se zvažuje i očkování proti chikungunye, choleře, hepatitidě B a vzteklině.
Malárie hrozí na celém území a CDC doporučuje antimalarickou profylaxi. Vyskytuje se i dengue.
Britský NaTHNaC pro Džibutsko radí pít jen vodu převařenou, filtrovanou nebo balenou.
Zdravotnická zařízení jsou omezená. Bez pojištění, které pokryje i repatriaci, se do země nevydávejte.