Estonsko patří k bezpečnějším evropským zemím, závažná kriminalita vůči turistům je vzácná. Hraniční přechod v Narvě je uzavřen pro motorová vozidla (jen chodci 7–23 h) a přechody Koidula a Luhamaa mívají v nočních hodinách sezónní uzávěry — na estonsko-ruské hranici je vhodné počítat s dlouhým čekáním a předem se zaregistrovat v systému GoSwift.
Estonsko patří k bezpečnějším zemím EU
Na podzim a v zimě hrozí silné bouře od Baltského moře s krátkodobým zvýšením hladiny moře o 1–2 m a záplavami pobřežních oblastí. V suchých letních měsících (červenec–srpen) hrozí lesní požáry.
Hlavním praktickým rizikem jsou klíšťata v lesích od jara do podzimu (klíšťová encefalitida, borelióza). Estonsko má i poměrně početnou populaci hnědých medvědů (700–800) a vlků (300–360), zejména v Alutaguse — útoky na lidi jsou ale velmi vzácné.
Estonsko je nejotevřenější baltskou zemí vůči LGBT+ — od 1. ledna 2024 platí manželství pro páry stejného pohlaví včetně společné adopce, jako první bývalá sovětská republika. Tallinn má otevřenou queer scénu.