Filipíny zasáhne v průměru 20 tajfunů ročně, sezóna vrcholí červenec–říjen (zhruba 70 % tajfunů), déšť obecně červen–listopad. Země leží v seizmicky aktivní oblasti Tichomořského ohnivého kruhu se zemětřeseními a sopečnou činností bez vazby na roční období.
V moři pozor na ostré korály a mořské ježky, doporučuje se obuv do vody. V odlehlejších oblastech se vyskytují jedovatí hadi, běžný turista se s nimi ale prakticky nesetká. Vzteklina je u toulavých psů a koček rozšířená — po pokousání vyhledejte lékařskou pomoc ihned.
Většina země leží nízko, mírné riziko výškové nemoci se týká jen treků na nejvyšší vrcholy jako Mt. Apo (2954 m) na Mindanau nebo oblíbený východ slunce na Mt. Pulag (2926 m) na Luzonu.