Guatemala leží na aktivním tektonickém rozhraní a zemětřesení jsou možná kdykoli během roku, nejvýznamnější riziko ze všech přírodních katastrof v zemi. Několik sopek je aktivních (Fuego, Pacaya) s možnými erupcemi a výrony popela prakticky bez varování. Hurikánová a tropická bouřková sezóna trvá zhruba červen–listopad a nejvíc ohrožuje karibské i tichomořské pobřeží záplavami a sesuvy půdy.
V zemi žije 18 druhů jedovatých hadů, nejnebezpečnější je barba amarilla (kopiník), agresivní zmije vyskytující se i v obdělávané krajině a blízko lidských sídel. V džungli Peténu i jinde na venkově se vyskytují jedovatí štíři (rod Centruroides), zvlášť kolem jezera Atitlán a ve východních pralesích. Poštípání by mělo vždy vyhledat lékařskou pomoc — antisér je dostupný ve větších nemocnicích.
Nejvyšší bod je sopka Tajumulco (4220 m), nejvyšší vrchol Střední Ameriky. Výšková nemoc hrozí hlavně při výstupu na sopky Acatenango (3976 m) nebo Tajumulco s nocováním na táboře — doporučuje se pomalé tempo a aklimatizace. Města jako Antigua (~1500 m) nebo jezero Atitlán (~1560 m) výškovou nemoc běžně nezpůsobují, citlivější jedinci mohou pociťovat mírnou únavu nebo bolest hlavy první den.