Honduras patří mezi země s vysokou mírou obecné kriminality, zvýšenou opatrnost MZV doporučuje na celém území, zejména v Tegucigalpě (čtvrť Comayaguela, okolí hotelu Maya, Bulevar Juan Pablo II a prezidentského paláce večer) a v San Pedro Sule (čtvrť Cabañas). Doporučuje se necestovat v noci a doklady i cennosti nechávat v hotelovém trezoru.
Rizikové jsou některé čtvrti hlavního města — Comayaguela, okolí hotelu Maya, Bulevar Juan Pablo II a okolí prezidentského paláce večer — a čtvrť Cabañas v San Pedro Sule. Turistická centra jako Copán Ruinas, jezero Yojoa nebo Bay Islands (Roatán, Utila) mají výrazně nižší kriminalitu, přesto se doporučuje necestovat po setmění mimo hlavní silnice.
Nejčastější je předražování taxíků bez taxametru — cenu je nutné smluvit předem, bezpečnější je hotelem objednané nebo aplikací přivolané auto (Uber, InDrive). Objevují se i falešní policisté žádající o kontrolu peněženky nebo dokladů a na hraničních přechodech a autobusových nádražích tzv. „pomocníci“ nabízející nevyžádané a předražené služby s doklady či zavazadly.
Hurikánová a tropická bouřková sezóna trvá zhruba červen–listopad a nejvíc ohrožuje karibské pobřeží a Bay Islands záplavami, sesuvy půdy a přerušením dopravy — hurikán Mitch (1998) i Eta a Iota (2020) patří k nejničivějším v historii země. Zemětřesení jsou možná kdykoli v roce, obvykle mírná. V suchém období hrozí na venkově požáry.
Nejnebezpečnějším hadem je barba amarilla (křovinář kopím, fer-de-lance), zodpovědný za většinu uštknutí v zemi, k vidění je i korálovec s neurotoxickým jedem. Na Bay Islands (Roatán) se při potápění lze setkat se žraloky v hlubších vodách, u pláží se s nimi turisté prakticky nesetkávají.
V hlavním městě se doporučuje držet bezpečnějších čtvrtí (Lomas del Guijarro, Colonia Palmira) a po setmění využívat jen hotelem objednané taxi. Turistická centra jako Copán Ruinas nebo Bay Islands bývají hodnocena jako klidnější než velká města.
Stejnopohlavní styky jsou legální, manželství i registrované partnerství jsou ale od roku 2005 ústavně zakázány. Společnost je vůči LGBT+ lidem konzervativní a úroveň násilí vůči komunitě patří k nejvyšším v regionu, veřejné projevy náklonnosti se nedoporučují.
Konzulát spadá pod Velvyslanectví ČR v Mexiku. Pro ostrov Roatán a Bay Islands funguje samostatný honorární konzulát (kontakt roatan@honorary.mzv.cz).