Indonésie leží na styku tří tektonických desek, má kolem 150 činných sopek a časté zemětřesení. Na severozápadě Sumatry zemětřesení doprovází riziko tsunami. Vysoké vlny a rozbouřené moře jsou v některých částech země běžné a ostrovy nechrání pevnina, proto pozor na silné proudy.
Po celé zemi žijí krokodýli a jedovatí hadi, nejčastěji kobry a zelené stromové hady, ve většině oblastí jsou ale vzácní. Varan komodský umí být nebezpečný, když ho někdo dráždí, žije jen v národním parku Komodo a na Floresu. Štíři, pavouci a drabčíci nebývají smrtelní, po kousnutí nebo záhadné vyrážce ale k lékaři.
Riziko výškové nemoci se týká hlavně treků na vysoké sopky jako Rinjani (3726 m) na Lomboku nebo Semeru (3676 m) na Jávě, jinak země leží převážně v nízké nadmořské výšce.