MZV nemá pro Japonsko žádné aktuální bezpečnostní upozornění, jen doporučuje sledovat informace o přírodních rizicích (zemětřesení, tajfuny, tsunami) a útocích medvědů.
Kriminalita je v Japonsku velmi nízká a pohyb po ulicích i veřejnou dopravou je bezpečný i v noci. MZV doporučuje vyhýbat se veřejnosti nepřístupným zónám kolem jaderné elektrárny Fukušima v prefektuře Fukušima. Zvýšenou pozornost vyžadují přírodní rizika — zemětřesení, tsunami, tajfuny a záplavy — a v posledních letech i útoky medvědů, které se objevují nejen v horách, ale i na okrajích lidských sídel.
V nočních čtvrtích, hlavně v tokijských Kabukičó, Roppongi, Šibuja a Ikebukuro, přibývá nápojů s drogou a podvodů s kartou: oběť se probudí bez paměti a s účtem na stovky až desetitisíce liber. Nahaněči („kjakuhiki“) oslovují anglicky a lákají do barů na drink zdarma, odkud pak nemusíte smět odejít. Za nimi nechoďte, pití nenechávejte bez dozoru a do baru vstupujte, jen když vidíte ceník. Britové byli po sporu o přemrštěný účet i zatčeni.
Japonsko leží v seizmicky velmi aktivní oblasti — zemětřesení jsou časté, silnější tsunami hrozí hlavně po pobřežních otřesech. Sezóna tajfunů s rizikem záplav a sesuvů půdy trvá zhruba srpen–říjen. V zimě (prosinec–březen) přináší sníh na severu a v horách výrazná omezení dopravy.
Na venkově pozor na sršeň mandarínskou, dlouhou asi 4 cm, která bodá opakovaně. Každý rok po jejím bodnutí zemře 20–40 lidí, a když varovně cvaká, ustupte. Medvědi útočí zřídka, na túrách na Hokkaidó a Honšú, hlavně na podzim na poloostrově Širetoko, se hodí zvonec na batoh. Na Okinawě žije jedovatý had habu, protijed je dostupný.
Pouliční kriminalita je výjimečná, i pro ženy, které chodí samy pozdě v noci. V přeplněných vlacích ve špičce ale ženy obtěžují „čikan“, kteří osahávají nebo fotí pod sukni, a některé vlaky proto mají vozy jen pro ženy. Stopovat samy nejezděte, taxi jsou bezpečná.
Sex mezi osobami stejného pohlaví je v Japonsku legální, zákon ale před diskriminací kvůli orientaci nechrání a sňatky neuznává. Některé obce vydávají partnerská osvědčení, která pomohou třeba při návštěvě v nemocnici. Známé LGBT+ čtvrti jsou Šindžuku Ni-čóme v Tokiu a Dojamačó v Ósace.
2-16-14 Hiroo, Shibuya-ku, Tokio 150-0012. Tel.: 03-3400-8122, konzulární oddělení: Tokyo.Consulate@mzv.gov.cz, nouzová linka Konzulárního operačního centra MZV: +420 222 420 222.