Japonsko leží v seizmicky velmi aktivní oblasti — zemětřesení jsou časté, silnější tsunami hrozí hlavně po pobřežních otřesech. Sezóna tajfunů s rizikem záplav a sesuvů půdy trvá zhruba srpen–říjen. V zimě (prosinec–březen) přináší sníh na severu a v horách výrazná omezení dopravy.
Na venkově pozor na sršeň mandarínskou, dlouhou asi 4 cm, která bodá opakovaně. Každý rok po jejím bodnutí zemře 20–40 lidí, a když varovně cvaká, ustupte. Medvědi útočí zřídka, na túrách na Hokkaidó a Honšú, hlavně na podzim na poloostrově Širetoko, se hodí zvonec na batoh. Na Okinawě žije jedovatý had habu, protijed je dostupný.