MZV ČR varuje před cestami do Jižního Súdánu kvůli extrémně nestabilní, nepředvídatelné a kritické bezpečnostní situaci a ozbrojeným střetům v různých částech země. Cestování mimo Džubu bez ozbrojeného doprovodu výrazně znásobuje veškerá rizika, v některých městech platí noční zákaz vycházení.
Ozbrojené konflikty mezi znepřátelenými frakcemi pokračují po celé zemi, situace se může rychle a bez varování zhoršit. I v Džubě je kvůli násilné kriminalitě (přepadení aut, přestřelky, únosy) pohyb pěšky omezen jen na malou oblast kolem velvyslanectví.
Mužský stejnopohlavní styk je trestný (§248, až 10 let vězení), vymáhání zákona je v posledních letech řídké, hlášeny jsou ale svévolné zatýkání a zadržování.