MZV kvůli eskalaci konfliktu s Íránem (Jordánsko bylo v roce 2026 zasaženo íránskými raketovými útoky) doporučuje cestovat do země jen ve zcela nezbytných případech, což pro běžnou turistiku fakticky znamená necestovat. Zvlášť se nedoporučuje blízkost hranic se Sýrií a Irákem. Doporučení se mění podle vývoje situace — před cestou nutné ověřit aktuální stav na mzv.gov.cz.
Nedoporučuje se cestovat do bezprostřední blízkosti hranic se Sýrií a Irákem a do severovýchodní části země, včetně okolí uprchlických táborů (např. Zaatari). Riziko teroristických činů přetrvává i ve zbytku země — doporučuje se zvýšená pozornost na frekventovaných místech jako trhy, nádraží a turistické atrakce.
Na turisticky nejexponovanějších místech (Petra, Wádí Rum) se objevuje přeplácení za neoficiální průvodcovské služby, suvenýry nebo jízdu velbloudem/koněm — cenu je dobré domluvit předem. Nabídky neregistrovaných "průvodců" u vstupu do památek je lepší odmítat.
Bleskové povodně ve vádí a kaňonech (včetně Petry) hrozí během období dešťů (listopad–březen), kdy i krátká intenzivní přeháňka dokáže během minut naplnit suché koryto — v listopadu 2018 si taková povodeň v Petře vyžádala oběti na životech. V létě hrozí extrémní vedra v pouštních oblastech (Wádí Rum, údolí Mrtvého moře).
V pouštních a skalnatých oblastech se vyskytuje štír nejjedovatější (Leiurus quinquestriatus) a několik druhů jedovatých hadů, včetně palestinské zmije — útočí jen při vyrušení. V okolí osad je časté toulavé psí smečky, obvykle neagresivní, ale je lepší se jim vyhýbat.
Jordánsko patří k bezpečnějším zemím regionu pro ženy cestující samy, hlavním rizikem je nevyžádaná pozornost mužů (dotěrní prodejci, taxikáři). V Petře se nedoporučuje přijímat pozvání přespat v jeskyni s místními průvodci o samotě, hlášeny byly případy obtěžování.
Jordánsko je jednou z mála arabských zemí, kde je homosexualita legální (od roku 1951), chybí ale právní ochrana proti diskriminaci a veřejné projevy náklonnosti (u jakéhokoli páru) jsou společensky nevhodné. Doporučuje se diskrétnost.