Almaty leží v seismicky velmi aktivní zóně na styku eurasijské a indické tektonické desky — silná zemětřesení se v historii opakovaně vyskytla a odborníci varují, že další je jen otázkou času. V zimě (prosinec–únor) hrozí na severu a ve stepích extrémní mrazy až −30 °C, v létě naopak vlny veder přes 40 °C na jihu země.
Ve stepních a polopouštních oblastech jihu se vyskytuje jedovatý pavouk karakurt (černá vdova), jehož kousnutí je bolestivé a bez léčby nebezpečné. Ze štírů a hadů (stepní zmije) hrozí bodnutí/kousnutí hlavně mimo turistické trasy, na horských loukách je běžné riziko klíšťat.
Riziko se týká hlavně treků v pohoří Ťan-šan poblíž Almaty (např. Butakovka, Kok-Žajlau), kam turisté běžně vystupují na treky nad 2500–3000 m.