MZV ČR z bezpečnostních důvodů důrazně nedoporučuje příjezd do Keni po silnici z Etiopie, Somálska nebo Jižního Súdánu a nedoporučuje ani lodní dopravu z Ugandy či Tanzanie po Viktoriině jezeře. Samostatnou kapitolou je terorismus — v zemi působí extrémisté napojení na somálské skupiny.
MZV nedoporučuje pohyb v chudších čtvrtích Nairobi (např. Kibera, Mathare) a Mombasy, zvlášť po setmění. Vstup na území Keni z Etiopie, Jižního Súdánu a Somálska se výslovně nedoporučuje kvůli bezpečnostní situaci. Zvýšené riziko útoků spojených s Al-Shabaab platí v pohraničních oblastech na severovýchodě (Garissa, Wajir, Mandera) a v části pobřežní oblasti u somálských hranic.
Nejčastější jsou falešné bezpečnostní/celní kontroly s vyžadováním úplatku, seznamovací a romantické podvody přes seznamky, podvodná safari s předem zaplacenými zájezdy, které nikdy neproběhnou, a přeplácení u pouličních prodejců. Doporučuje se objednávat jízdy přes Uber/Bolt a vždy si předem domluvit cenu.
Nejvýznamnějším rizikem jsou sucha, zejména na severovýchodě a ve východní části země, a povodně během období dešťů (březen–květen a říjen–listopad), kdy dochází i k sesuvům půdy v Rift Valley.
Na safari představují největší riziko velcí savci (hroši, buvoli, sloni) — z vozidla se proto vystupuje jen na vyznačených místech. Z hadů je nejnebezpečnější mamba černá, dále zmije písečná (puff adder) a různé druhy kober.
FCDO uvádí, že sexuální útoky jsou vzácné, ale stávají se, a týkají se cestovatelů obou pohlaví. Hlavním rizikem je drogování nápojů v barech a klubech — jídlo ani pití od cizích lidí nepřijímejte.
Sex mezi osobami stejného pohlaví je v Keni trestný a konzervativní společnost vztahy osob stejného pohlaví netoleruje. Projevy náklonnosti na veřejnosti mohou skončit zatčením a vězením. Britské ministerstvo zahraničí varuje i před riziky seznamovacích aplikací.