Nejvýznamnějším rizikem jsou sucha, zejména na severovýchodě a ve východní části země, a povodně během období dešťů (březen–květen a říjen–listopad), kdy dochází i k sesuvům půdy v Rift Valley.
Na safari představují největší riziko velcí savci (hroši, buvoli, sloni) — z vozidla se proto vystupuje jen na vyznačených místech. Z hadů je nejnebezpečnější mamba černá, dále zmije písečná (puff adder) a různé druhy kober.
Riziko hrozí hlavně při výstupu na horu Keňa (5 199 m n. m.), příznaky se mohou objevit už od cca 3 000 m. Doporučuje se pomalá aklimatizace s nočními zastávkami kolem 3 000–4 000 m a 5–6denní itinerář.