Kolumbie leží v seizmicky aktivní oblasti s přibližně 25 aktivními sopkami, zemětřesení hrozí celoročně. V období dešťů (bimodálně březen–květen a září–listopad ve vnitrozemí) hrozí sesuvy půdy, na karibském pobřeží mohou v období červen–listopad zasáhnout hurikány.
V amazonské džungli a nížinných oblastech žijí jedovatí hadi (např. křovinář kopinatý, korálovec) a v Amazonii i piraně a elektrické úhoři, riziko útoku na turisty na značených trasách je ale nízké. Komáři přenášející dengue, zika a malárii jsou v nížinných a tropických oblastech rozšířenější než ve vysokohorské Bogotě.
Bogotá leží ve výšce 2 640 m n. m., okolní andské oblasti (Los Nevados, Sierra Nevada de Santa Marta) dosahují přes 5 000 m. Mírné příznaky výškové nemoci (bolest hlavy, únava) se mohou objevit už první den v Bogotě — doporučuje se první den odpočívat, pít hodně tekutin a vyhýbat se alkoholu.