V období dešťů (květen–prosinec) hrozí na horších silnicích sesuvy půdy a bleskové povodně, zejména v horách a na karibském pobřeží. Kostarika má i aktivní sopky (např. Arenal, Poás, Turrialba), zemětřesení jsou vzhledem k poloze v seizmicky aktivní oblasti Střední Ameriky možná celoročně. Silné zpětné proudy na tichomořských plážích jsou hlavní příčinou úmrtí turistů v zemi.
Ze zhruba 140 druhů hadů, které Institut Clodomira Picada v zemi popsal, je jedovatých 23. Dělí se na dvě čeledi. Korálovci (Elapidae) jsou drobní a štíhlí, s prstenci v pořadí červená–žlutá–černá–žlutá, a jejich jed působí neurotoxicky; patří sem i mořský had. Zmijovití (Viperidae) mají trojúhelníkovitou hlavu, drsné šupiny a jamky mezi okem a nosní dírkou, kterými vnímají teplo — nejobávanější je Bothrops asper, místně zvaný terciopelo. Jejich jed ničí sval a způsobuje krvácení. Na neškodné napodobitele korálovců pravidlo o barvách prstenců nesedí vždycky, institut ho podává jen jako pomůcku pro nejběžnější druhy.