V horách hrozí zemětřesení, sněhové laviny (hlavně v zimě a na jaře) a bleskové povodně a sesuvy půdy při tání sněhu nebo prudkých deštích na jaře a v létě. Nestabilní horský terén, ztráta mobilního signálu a zhoršená orientace jsou rizika hlavně na túrách mimo značené trasy.
V nížinách a podhůří se vyskytují jedovatí hadi, hlavně štěrbinovka střední asie a zmije útočná, dále štíři. Ve vysokých horách žijí vlci, rysi a sněžní levharti, útoky na lidi jsou ale velmi vzácné. V Biškeku i mimo něj je běžné potkat toulavé psy, hlavně za soumraku.
Samotné jezero Issyk-Kul leží v 1 600 m n. m., kde výšková nemoc nehrozí. Riziko začíná na oblíbených treccích do vyšších poloh — např. sedlo Ala-Kul (3 860 m) nebo jezero Song-Kul (3 016 m). Doporučuje se postupná aklimatizace a dostatek času na vícedenní treky.