Kromě běžného očkovacího kalendáře se doporučuje hepatitida A a hepatitida B. Certifikát o žádném očkování není pro vstup vyžadován. Vzhledem k horským túrám ve vysoké nadmořské výšce stojí za zvážení konzultace s cestovní klinikou i kvůli prevenci výškové nemoci.
Kyrgyzstán není v EU, EHIC zde neplatí. První pomoc je bezplatná, další péče se hradí a ceny se mezi nemocnicemi liší a mohou být vysoké — MZV doporučuje sjednat kvalitní cestovní pojištění včetně horské záchrany a evakuace.
CDC neeviduje v Kyrgyzstánu riziko malárie. Dengue se vzhledem k vysoké nadmořské výšce většiny území prakticky nevyskytuje.
Čerstvě připravené a horké pokrmy jsou obvykle bezpečné, doporučuje se ale vyhýbat se ledu z kohoutkové vody a syrové zelenině myté neznámou vodou, hlavně mimo turistická centra.
Úroveň zdravotnictví mimo hlavní město je slabá, nejlepší zařízení má Biškek včetně několika soukromých klinik pro cizince (např. Neomed). V regionu Issyk-Kul a podél horských tras jde často jen o malé místní ambulance se základním vybavením.
Orientační cena běžné návštěvy soukromého lékaře v Biškeku (cca 10–25 USD), 2026. Specializovaná péče nebo hospitalizace vyjde podstatně dráž.
Za držení i malého množství omamných látek včetně konopí hrozí správní pokuta, u větších množství trestní stíhání s vězením od 3 do 7 let, u recidivy nebo obchodování 6–10 let i více. Osobní léky na předpis je vhodné vozit v originálním balení s kopií lékařského předpisu.
Samotné jezero Issyk-Kul leží v 1 600 m n. m., kde výšková nemoc nehrozí. Riziko začíná na oblíbených treccích do vyšších poloh — např. sedlo Ala-Kul (3 860 m) nebo jezero Song-Kul (3 016 m). Doporučuje se postupná aklimatizace a dostatek času na vícedenní treky.