Certifikát chtějí jen po cestujících od 9 měsíců, kteří přijíždějí ze země s rizikem žluté zimnice — počítá se i přestup delší než 12 hodin. Při přímé cestě z Česka nebo s přestupem v Evropě se nevyžaduje.
Kromě běžného očkovacího kalendáře se většině cestujících doporučuje očkování proti hepatitidě A a břišnímu tyfu. Podle oblasti, délky pobytu a toho, co budete dělat, se zvažuje i očkování proti chikungunye, hepatitidě B a vzteklině.
Evropský průkaz zdravotního pojištění pokrývá jen státy EU plus Island, Lichtenštejnsko, Norsko a Švýcarsko. Na Madagaskaru neplatí. Pojištění by mělo obsahovat letecký převoz do zahraničí: zdravotní péče je mimo Antananarivo omezená a vážnější případy se řeší převozem na Réunion nebo do Jihoafrické republiky.
Malárie hrozí na celém ostrově kromě Antananariva, kde jsou případy vzácné. Mimo hlavní město CDC doporučuje antimalarickou profylaxi. Vyskytuje se i dengue.
Zdravotnictví je i na africké poměry podprůměrné, kvalitnější soukromá péče je dostupná jen v Antananarivu. U vážnějších případů se jednoznačně doporučuje letecká evakuace (nejčastěji na Réunion nebo do JAR).