Hurikánová sezóna zasahuje obě pobřeží (Karibik i Pacifik) od června do listopadu, vrchol srpen–říjen. Mexico City a řada dalších oblastí leží v seizmicky aktivní zóně — silná zemětřesení nejsou výjimkou (naposledy 2017 a 2022). Sopečná aktivita hrozí v okolí Popocatépetlu.
V přírodě a na venkově se vyskytují jedovatí chřestýši a štíři (hlavně sušší západní a střední oblasti), na jihu a na pobřeží krokodýli — koupání mimo vyznačené pláže/laguny se nedoporučuje. Komáři přenáší dengue a zika, hlavně v období dešťů.
Mexico City leží ve 2240 m n. m. — mírné příznaky výškové nemoci (bolest hlavy, únava, dušnost) jsou u čerstvě přiletěných turistů běžné první 1–2 dny.