V zimních měsících (přibližně listopad–duben) hrozí tzv. dzud — extrémně tuhá zima s mrazy až -48 °C, sněhovými bouřemi a ledovou krustou na pastvinách, která dokáže ochromit dopravu i odlehlé oblasti. V létě naopak hrozí prachové bouře a vlny veder, zejména v poušti Gobi a na stepích.
Ve volné přírodě žijí vlci, kteří se lidem běžně vyhýbají, ale mohou být nebezpeční pro dobytek i v blízkosti táborů. U jurt a kočovných táborů bývají hlídací psi, kteří mohou být vůči cizím lidem agresivní. V odlehlejších stepních a pouštních oblastech se vyskytují i některé druhy hadů, srazy s nimi jsou ale řídké.
Většina Mongolska leží v nadmořské výšce kolem 1500–1600 m, kde výšková nemoc nehrozí. Riziko se týká jen treků v pohoří Altaj Tavan Bogd na západě země, kde vrcholy dosahují až 4328 m.