Kromě běžného očkovacího kalendáře se doporučuje hepatitida A, hepatitida B a břišní tyfus (zejména u delších pobytů nebo cest mimo turistická centra). Cestovatelům s intenzivním kontaktem s přírodou (turistika, táboření) se doporučuje i očkování proti klíšťové encefalitidě a vzteklině.
Mongolsko nemá s ČR smlouvu o bezplatné zdravotní péči. Na hranicích se objevují podvodníci v uniformách nabízející 'povinné' cestovní pojištění — jde o podvod, žádné takové pojištění se na hranici nekupuje.
V Ulánbátaru je hygiena jídla v restauracích na slušné úrovni, na venkově a při stravování u kočovných rodin (syrové mléčné výrobky, maso) je vhodná zvýšená opatrnost.
Kvalitnější zdravotnická zařízení jsou soustředěná v Ulánbátaru, mimo hlavní město je péče výrazně omezenější. U vážnějších stavů se často doporučuje evakuace do zahraničí (Jižní Korea, Čína).
Mongolsko má přísné protidrogové zákony a konopí (i léčebné) je zcela nelegální. U léků s obsahem opioidů či psychotropních látek se doporučuje vozit je v originálním balení s lékařskou zprávou a množství omezit na osobní potřebu.
Většina Mongolska leží v nadmořské výšce kolem 1500–1600 m, kde výšková nemoc nehrozí. Riziko se týká jen treků v pohoří Altaj Tavan Bogd na západě země, kde vrcholy dosahují až 4328 m.