Na podzim a na jaře hrozí po vydatných deštích a tání sněhu povodně na velkých řekách (Rýn, Labe, Dunaj). V bavorských Alpách hrozí v zimě lavinové nebezpečí. Léto přináší silné bouřky, ojediněle i tornáda v nížinatých oblastech.
Hlavním rizikem jsou klíšťata (přenašeči klíšťové encefalitidy a boreliózy) v lesích a vysoké trávě od jara do podzimu, nejvíc v Bavorsku. Zmije obecná se vyskytuje ojediněle, uštknutí není pro dospělého člověka smrtelné, ale vyžaduje ošetření.
Nejvyšší vrchol Německa Zugspitze (2962 m) v Alpách přesahuje výšku, od které při rychlém výstupu roste riziko výškové nemoci (zhruba 2500 m n. m.) — týká se hlavně turistů a horolezců v Bavorských Alpách, zbytek země je nížinatý až středohorský.