Nepál leží v seismicky velmi aktivní oblasti — zemětřesení Gorkha v roce 2015 (M7,8) zabilo přes 9000 lidí a poškodilo klíčovou infrastrukturu, silné otřesy tak zůstávají trvalým rizikem. Monzunové období (červen–září) přináší přívalové povodně a sesuvy půdy hlavně v kopcovitém terénu, v horách navíc hrozí laviny během zimní a jarní trekové sezóny.
V národních parcích nížiny Terai (Čitwan, Bardija) žijí volně tygři, levharti, jednorozí nosorožci a sloni — safari probíhá jen s licencovaným průvodcem, útoky na turisty jsou vzácné, ale nosorožci a sloni dokážou být při ohrožení nebezpeční. Za monzunu se na trekových trasách v nižších polohách objevují pijavice. V Terai žijí i jedovatí hadi, s turisty se ale potkávají zřídka.
Výšková nemoc hrozí prakticky na všech trekových trasách nad 2500 m — Everest Base Camp vede přes Namche Bazaar (3440 m) až k základnímu táboru (5364 m), Annapurna Circuit přes horský průsmyk Thorong La (5416 m). Zásadní je pomalá aklimatizace s odpočinkovými dny, v roce 2023/24 zemřelo jen v oblasti Annapurny 21 lidí na následky výškové nemoci.