Kromě běžného očkovacího kalendáře se většině cestujících doporučuje očkování proti hepatitidě A, břišnímu tyfu a žluté zimnici. Podle oblasti, délky pobytu a toho, co budete dělat, se zvažuje i očkování proti chikungunye, choleře, hepatitidě B, meningokokům a vzteklině.
Malárie hrozí na celém území a CDC doporučuje antimalarickou profylaxi. Vyskytuje se i dengue.
NaTHNaC řadí u Nigérie žloutenku typu A i břišní tyfus mezi očkování doporučená většině cestovatelů. K tomu v zemi probíhá epidemie cholery: mezi 1. květnem a 18. červnem 2026 hlásil stát Borno 13 234 případů a 108 úmrtí. Pít proto výhradně balenou nebo převařenou vodu, včetně vody na mytí zubů a na led. Ovoce a zeleninu jen loupané nebo uvařené.
MZV popisuje zdravotní péči v zemi jako na nízké úrovni s malým počtem kvalitních zařízení, o něco lepší dostupnost je v Lagosu a Abuje. Doporučuje se vzít si dostatečnou zásobu vlastních léků a mít kvalitní cestovní pojištění.
Rok 2026, orientační cena konzultace v soukromé klinice v Lagosu nebo Abuje (rozmezí cca 15 000–40 000 NGN).
Léky s obsahem kodeinu, silná analgetika, psychofarmaka a další látky na předpis je potřeba vozit v originálním balení s příbalovým letákem, ideálně s lékařskou zprávou v angličtině. Nigérie navíc od roku 2018 zakázala domácí výrobu kodeinových sirupů proti kašli kvůli rozšířenému zneužívání — dovoz větších množství může vzbudit podezření celníků.