Pákistán zasahují časté záplavy a sesuvy půdy během monzunu (červenec–srpen), zejména v Paňdžábu a Sindhu. Země leží v seizmicky aktivní oblasti s pravidelnými zemětřeseními. V létě teploty v nížinách přesahují 45 °C, v horských oblastech naopak v zimě klesají k −20 °C s rizikem lavin.
Jedovaté hady zastupuje především zmije pilovitá (nejnebezpečnější had světa díky agresivitě a rozšíření u obydlených oblastí), kobra indická a zmije Russellova s vysokou úmrtností při neléčeném uštknutí. Ve venkovských oblastech se vyskytují i jedovatí škorpioni.
Riziko výškové nemoci hrozí na treku ke K2 base campu (cca 5 150 m) a dalších trasách v Karakoramu a Himálaji na severu země — doporučuje se postupná aklimatizace s max. 400 m převýšení denně nad 3 000 m.