V období dešťů (květen–listopad, vrchol říjen–listopad) hrozí přívalové srážky, záplavy a sesuvy půdy, hlavně v horských oblastech a přeplněných čtvrtích měst. Panama leží mimo hlavní hurikánovou dráhu, silné hurikány ji na rozdíl od okolních zemí prakticky nezasahují. Zemětřesení jsou možná, ale spíš vzácná a slabší.
Nejnebezpečnějším hadem je křovinář kopím (fer-de-lance), zodpovědný za většinu smrtelných uštknutí v zemi. V deštných lesích žijí i drobné, silně jedovaté pralesničky (poison dart frogs) – nebezpečné jsou jen při kontaktu s kůží, ne na dálku.
Nejvyšší bod země je vyhaslá sopka Volcán Barú (3 475 m). Riziko výškové nemoci je mírné, ale reálné hlavně při rychlém nočním výstupu z Boquete bez aklimatizace – doporučuje se pár dní v okolí strávit před pokusem o výstup.