Pro hory (Cusco, Machu Picchu, Posvátné údolí) a Amazonii je nejlepší suché období květen–září, pro pobřeží (Lima, sever) naopak prosinec–březen, kdy je teplo a sucho. Kompromisem pro cestu napříč regiony jsou přechodná období duben–květen a září–říjen s menším počtem turistů. Hlavní turistická sezóna je červen–srpen.
Pobřeží (Lima) je téměř bezdeštivé celoročně. V Andách a Amazonii prší nejvíc prosinec–březen, zbytek roku bývá v horách sušší a příznivější pro trekování.