Kromě běžného očkovacího kalendáře (tetanus, spalničky) se doporučuje očkování proti hepatitidě A a při delším pobytu i proti hepatitidě B a tyfu. Pro cesty do amazonské nížiny (např. Madre de Dios, Loreto, Iquitos) je doporučeno očkování proti žluté zimnici, ideálně alespoň 10 dní před vstupem do rizikové oblasti.
Malárie se přenáší ve všech oblastech pod 2 500 m n. m. východně od And včetně Iquitos a Puerto Maldonado, kam CDC doporučuje antimalarickou profylaxi; v regionech Tumbes a Piura jsou případy vzácné. Lima, Arequipa, Cusco, Machu Picchu, jezero Titicaca ani střední a jižní pobřeží riziko nemají. Vyskytuje se i dengue.
NaTHNaC řadí u Peru žloutenku typu A i břišní tyfus mezi očkování doporučená většině cestovatelů; obě nemoci jdou z kontaminovaného jídla a vody. Pít balenou, převařenou nebo filtrovanou vodu — ve výškách Andského pásma navíc voda vře při nižší teplotě, takže samotné krátké převaření nemusí stačit a lepší je balená. Led jen v zavedených podnicích.
Odhad ceny konzultace v soukromé klinice v Limě, rok 2026
Dovoz léků s obsahem kodeinu, morfinu a dalších omamných látek je bez lékařského předpisu problematický a hrozí jejich zabavení celní kontrolou. Pro léky na předpis se doporučuje mít u sebe kopii lékařského předpisu a potvrzení od lékaře, ideálně v angličtině nebo španělštině.
Cusco leží ve výšce zhruba 3 400 m n. m., průsmyky v Andách dosahují až 4 800 m. Výšková nemoc (soroche) postihuje značnou část návštěvníků při rychlém výstupu — doporučuje se první den v Cuscu odpočívat, aklimatizovat se případně přes Posvátné údolí (2 850 m) a pít dostatek tekutin, tradičně i kokový čaj.