V horských oblastech (Julské Alpy, Triglav) hrozí v zimě laviny a na jaře bleskové povodně při tání sněhu. Na pobřeží se výjimečně vyskytuje silná bóra (studený vítr), jinak je země z pohledu přírodních rizik klidná.
Hlavním rizikem jsou klíšťata (přenašeči klíšťové encefalitidy a boreliózy) v lesích od jara do podzimu. V horských oblastech žijí medvědi hnědí a vlci — setkání jsou vzácná, doporučuje se dodržovat základní zásady chování v jejich území.
Nejvyšší hora Slovinska, Triglav v Julských Alpách, měří 2 864 m — nad hranicí, od které se může objevit výšková nemoc. Většina turistických tras ale zůstává níž, riziko je relevantní hlavně u vysokohorských výstupů na Triglav.