Tádžikistán leží v zóně vysokého až velmi vysokého seizmického rizika, zemětřesení hrozí i ve velkých městech včetně Dušanbe. Hornatý terén (93 % území) je celoročně náchylný k sesuvům půdy, bahnotokům a padání kamení, sněhové laviny hrozí v zimě a na jaře v horských oblastech.
Ve volné přírodě žijí čtyři jedovatí hadi (křovinář středoasijský, zmije levantská a další), setkání je ale vzácné. V horách žijí sněžní levharti, vlci a divoká prasata — plaší a nebezpeční jen když jsou překvapeni nebo vyprovokováni. V létě na horských treccích obtěžují komáři a klíšťata.
Dušanbe leží nízko (706 m) bez rizika, ale Pamirská magistrála na východě země stoupá na náhorní plošinu 3500–4500 m (nejvyšší průsmyk Ak-Baital 4655 m) a výšková nemoc je tam reálné riziko i pro běžné turisty bez horolezeckých ambic.