V období dlouhých dešťů (březen–květen) i krátkých dešťů (říjen–listopad) hrozí záplavy v nížinách a sesuvy půdy v horských oblastech — nejzranitelnější jsou svahy pohoří Elgon (okresy Bududa, Sironko, Bulambuli) a oblast Rwenzori a Kigezi na jihozápadě, kde sesuvy opakovaně způsobily úmrtí a zničené domy.
Hroši jsou na safari nejnebezpečnější — v Africe zabijí ročně více lidí než lvi či krokodýli, útočí i na souši za soumraku a svítání. Nilský krokodýl číhá v Kazinga Channel, Murchison Falls a jezerech Albert a Victoria. Z hadů je nejnebezpečnější zmije šupinatá (puff adder), zodpovědná za nejvíc úmrtí po uštknutí v zemi. Vážná zranění na safari jsou vzácná, pokud se dodržují pokyny rangerů a průvodců.
Nejvyšším bodem Ugandy je Margherita Peak v masivu Rwenzori (5 109 m), třetí nejvyšší vrchol Afriky. Správa parku ho uvádí jako vrchol Mount Stanley na hranici s Konžskou demokratickou republikou. Výstup není otázka jednoho dne: trekking trvá zhruba týden a překonává obrovský výškový rozdíl, takže výšková nemoc je reálné riziko. Většina země přitom leží mezi 1 000 a 1 300 m, kde nehrozí nic — problém začíná až na horách. Na Margheritu je potřeba povolení od Uganda Wildlife Authority.